奏は病で死を迎える直前、父が開発した『ＶＲシンクロゲーム神ノ箱庭』へデジタル転送され、愛猫を模したナビ・ビビと共に第２の人生を歩み始める。
やがてカナデとしてパキラやスタンピートとチームを組み、魔具師ルードベキア、マキナ、カナリアら多くの仲間と出会い、充実した日々を過ごす。
父・健一が息子のために追加した大型アップデートが実装される一方、銀の獅子商会では団長リディが消失。副団長マーフは彼を探すため、萬屋商会ディグダムと情報ギルドを設立し、ログアウト不能の不具合を調査し始める。
カナデはアップデートで登場したＮＰＣが“プレイヤーの魂と融合した存在”だと知り、健一と衝突。彼らを救う決意を固め、１２歳から大人の姿へと変化し、マーフたちとログアウト方法を探る。
剣王ブラン、獣王ガンドル、精霊王ルルリカの出現で世界は混乱するが、『どんな願いでも叶う』というユグドラシルを求め、カナデは情報ギルドの精鋭たちと共に、ガロンディア崩壊事件を起こした笛吹ヴィータへ挑む――。
その後、オーディンの人形は自らの心臓を使ってクエストアイテムを作り出し、パキラは“１人しか受諾できないユニークＮＰＣの連続クエスト”の保持者となる。
剣王ブランは「オーディンの人形の魂」がまだ神ノ箱庭のどこかに存在すると知り、その行方を追い始める。
そして2026/3/27、物語は次なる舞台――「レニエ編・雲隠れの塔」へと進む。
空間に突如“飛竜都市レニエ”が発現し、世界は新たな局面へ突入する。
その混乱の中、カナデは青年から小学１年生の姿へと変化し、マーフは神話時代の記憶を取り戻す。
レニエタワー最上階・９９階にはオーディン王が待ち受け、倒した者には“願いを１つ叶える権利”が与えられる。
プレイヤーたちがログアウトを目指す中、カナデたちも全員を現実へ帰すため塔の攻略へ挑む。
カナデはディスティニー、マーフと共にアーチボルト率いるクラン「グリフォンの牙」に加入し、オオクマネコ、そして新たな仲間ゼルファードと共にレニエタワーへ挑むこととなる。
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※雲隠れの塔の章（
ep168）から、誤字脱字のスペルチェックなどはAIを使用しています。