奏は病で死を迎える直前に、父が開発した『ＶＲシンクロゲーム神ノ箱庭』にデジタル転送され、愛猫を模したナビゲーターのビビとともに、ゲームの世界で第２の人生を生きようと目を輝かせた。
やがて奏はカナデとして、プレイヤーのパキラやスタンピートとチームを組むようになり、魔具師ルードベキアやマキナ、カナリア＆愉快な仲間たちとの出会いで、充実した楽しい日々を過ごすようになる。
そして、奏の父親健一が息子を想いながら追加要素を加えたという大型アップデートがやってきた。
今までにないぐらいの盛り上がりを見せていたが……銀の獅子商会では団長のリディが消失してしまう。副団長マーフは義兄でもある彼を探すために萬屋商会ディグダムと情報ギルドを設立。ゲームと現実を行き来しながら、ログアウトできないプレイヤーたちの支援し、不具合ついて調べ始める。
奏は大型アップデートで登場したＮＰＣたちがプレイヤーの魂が融合したものだと知り、父親の健一と激突。彼らを救う決意を固め、１２歳の子どもから大人に姿に変えた奏はマーフたちとログアウト方法を模索する。
キャンペーンボスの剣王ブランや獣王ガンドル、精霊王ルルリカの出現によって再びゲームの世界は混乱するが、『どんな願いでも叶えてくれる』と言う『ユグドラシル』を手に入れるために、奏は情報ギルドの精鋭プレイヤーたちと共に、ガロンディア崩壊事件を引き起こした笛吹ヴィータに戦いを挑んだーー。