奏は難病で死を迎える直前に父が開発したVRシンクロゲーム神の箱庭に送られる。奏は愛猫を模したナビゲーターのビビとともに、第2の人生を生きようと目を輝かせた。
プレイヤーと友達になりたいが勇気が出ない奏はモニターで様子を伺うだけで引きこもり気味になっていた。そんな時、翡翠湖で戦っているプレイヤーのパキラを目にする。パーティが壊滅状態になったパキラは緊急支援の笛でカナリアを召喚し、カンストパーティに助けられていた。奏は白い猫耳のパキラを気になるようになったが、彼女は恩人のルードベキアに想いを寄せていた。
パキラとスタンピートに出会った奏は彼らとチームを組んで、ゲームの世界を楽しむようになる。さらに魔具師のルードベキアやマキナ、カナリア&愉快な仲間たちとの出会いで鍛冶師しても充実した日々を過ごし、心躍る様々な冒険を経験する。
やがて追加要素が盛りだくさんな大型アップデートがやってきた。しかし、プレイヤーが大型アップデートで追加されたNPCに変えられ、ゲームからログアウトができなくなるという現象がプレイヤーの間に徐々に広がっていく。
銀の獅子商会副団長マーフは義兄であるリディを探すために現実世界とゲームを行き来し、萬屋商会ディグダムと情報ギルドを設立。ログアウトできないプレイヤーを支援し、共に活動するようになる。
現実世界でもゲームのひずみの影響が出始め、黒い痣を持つ意識不明の患者が増えていた。マキナの父である中条医師はこの問題に積極的に関わり、消えた息子と甥の安否を気遣っていた。
クイニーとの出会いで奏はプレイヤーがNPCに変えられたことを知ってしまう。奏はヴィータの正体が分かり、大切な友人たちを失ったことで父親の健一と激突。プレイヤーを救う決意をするが……奏の気持ちとは裏腹に健一の暴走は加速していった。
そんな中、プレイヤーを震撼させたガロンディア崩壊事件が起きてしまう。そして、大型アップデートのテーマなっている童話の主人公、オーディンの人形が姿を現した……。
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