体育の授業を受けていた「僕」の前に、同級生・赤嶺小百合が突如として空の上から降ってきた。
そのままグラウンドに激突し、首の骨を折って息絶えた赤嶺。飛行機もヘリコプターも飛んでいない三十メートル上空に突然姿を現した彼女について、「僕」は彼女が何らかの〝魔法〟によって転落死させられたのではないかと思い至る。
そこで「僕」は、唯一面識のある魔法使い・水梨星蘭のもとを訪れ、犯人なのではないかと名指しする。しかし、魔法使い・水梨には事件当時完璧なアリバイがあり……？
平穏で秩序的な変わり映えしない日々を好む「僕」は、訪れた非日常からいち早く脱出すべく、犯人捜しを開始する。
――赤嶺小百合を殺した魔法使いは誰か？
魔法×ミステリ、青春のフーダニット。
「僕」がたどり着いた、儚くもおもいやりにあふれた真実とは。
表題作『魔法使いの水梨さんは、赤嶺小百合を殺したか』を含む、魔法に彩られた三篇の青春短編ミステリ集。