――『東京』の中心。
パンドラクライシスと呼ばれる事件をきっかけに、
人知を越えた生物『異形の者たち』が現れた。
異形の圧倒的な力を前にして、短期間で崩壊した東京は首都の機能を失う。
人類は防壁を築き上げることにより、
内界と外界で区分けされ、
旧首都――内界では異形と戦う兵士『サイファー』を育成する施設が作られた。
――第十八区、関原養成所。
養成所の〝普通科〟に在籍する東堂宗二郎(とうどうそうじろう)は、
生徒の誰もが保有することの出来る魔力を扱うことが出来なかった。
自らを無能であると理解しながらも、それを良しとせず、
彼は自分にできる〝能力〟を成長させていた。
……そんなある日。
彼は〝魔導科〟の二年生。
『完全無欠』と呼ばれる養成所のエリート。
石蕗祈理(つわぶきいのり)と出会う。