殺し屋が集う町───北山町には、殺し屋を追う組織が存在していた。
異能組織暗殺者取締部
通称:"ASSASSIN"。
メンバーは全員、異能力者。そして───子ども。
物を操る能力を持つ少年───清水蒼太は、小学5年生の春、かつて暮らしいてた田舎町・北山町へと引っ越した。4年前までともに暮らしていたはずの、兄の記憶を抱えて───。
転校先の学校で、能力者の少女・中野葵と出会った蒼太は、その出会いをきっかけに、様々な出来事へと巻き込まれていく。
兄との再会。殺人事件への遭遇。そして、知る───"ASSASSIN"という組織。
様々な困難に遭いながらも、"ASSASSIN"のメンバーとして生きる子どもたちは、組織での活動を通して成長し、やがて、周りの人間、世界を大きく変えていく。