遠い昔、ギリシャのデルフォイという土地に、名高い「神託所」があった。
政治的に重大な局面にたったとき、あらゆる都市国家はかならず神託所に使者をおくり、決して外れることがないという予言の神アポロンの神託をもとめ、その言葉に従ってきた。
だが、神託所には裏の顔があった。
それが神託情報機関Ε（エイ）、すべての都市国家の機密情報を収集し、古代ギリシャの歴史を動かしてきた秘密組織である！
時は折しもペロポネソス戦争のさなか、ひとりの少女が「Ε」にやってきた。
彼女と仲間たちの活動は、歴史の大きなうねりの中に、ひそやかに入りこんでゆく――
（※ Ε は現代においては「エプシロン／イプシロン」とよまれることが多いですが、本作の舞台となる時代でのよみ方に合わせ、作中では「エイ」に統一します！）