海崎健斗は中学の時にいじめられて不登校になった。
不登校の間、近くの田舎道場に住み込んで剣術修行した結果、中学卒業時には「慈恩流」の免許皆伝となった。
10年前に突如世界中に出現したダンジョン（迷宮）により社会の流れは変わっている。
健斗は迷宮探索者を目指して「迷宮科」の高校に進学することになった。
進学準備のために3年ぶりに自宅に戻った健斗は夜に謎の「緑色の小人」が裏庭をうろついているのを発見した。
木刀片手に逃げる「緑色の小人」を追いかけた健斗は見慣れない穴を見つけ、小人が穴に逃げ込んだのに気付いたのである。