宇宙海賊［赤の公爵騎士団］の戦闘機乗りギドはある戦役で敵母艦ごと宇宙の塵となった。
次の人生では幸せな家庭をと夢見た彼だったが、来世の彼［キッド］は育つなり施設に売られていた。
そこは飛竜を育てる施設で、与えられた卵を孵して竜使いとなるのがキッドの役割だった。
そんなキッドの卵から世界を滅ぼすとされるカオスドラゴンが産まれてしまう。
キッドは竜を抱いて逃げた。逃げた果てでアムとリタという元奴隷のお姉さんと出会い、彼は里に迎えられた。だがその里も無惨に滅ぼされてしまった。
そんなやられっ放しのキッドの前に、かつての己が乗り回した超戦闘機［ポタモトリゴン］が現れる。その船は敵全てを一瞬で焼き払える破滅の力を持っていた。