隕石の飛来とともに突如として現れた敵性巨大生物、『怪獣』の脅威と、加速する砂漠化によって大きく生活圏が縮小された近未来の地球。日本では、地球防衛省を設立するなどして怪獣の駆除に尽力していた。
そんな中、元自衛官の源王城(みなもとおうじ)はその才能を買われて、怪獣の死骸処理を専門とする衛生環境省処理科、特殊処理班に配属される。何とそこは、怪獣の力の源、コアを処理することだけに特化した特殊部隊だった。
そして、人類根絶を画策する人型怪獣、怪人の組織『神獣協会』との争いの中で源は、自身に秘められた力と過去について知ることになる。
それは果たして、人類を救うカギとなるのか。