これは遥か彼方の時空の物語。
セイオーム軍はフユクラード軍を従えハルキアへ侵攻する。ハルキア軍の善戦もむなしくハルキアは占領されてしまう。
それから一年が経過していて、ハルキアより離れたケイトで記憶を失った少女の姿があった。第一三独立部隊所属のキリ、ルディ、ユミリは彼女――ティユイをケイトから連れ出すために動き始める。
ベイトという男とケイカと名乗る少女が駆る巨大ロボットに襲撃されるもキリたちはそれの撃退に成功する。
ティユイは自分が巨大なクラゲの傘の中に暮らしていることを知る。そして舞台はコーヤに移るのであった。