3月9日。春の暖かさに誘われて、早くも満開に咲いた桜。今日をもって土佐上高校の三年生一同は卒業します──。
お世話になった先輩方の門出を祝う土佐上高校一年の男子生徒、春日星凪は、卒業式のあるその日は早く目覚めた。
起き上がってみると、体に異変が。
縮んだ身体、金と青のグラデーションの長い髪、雲雀のように綺麗な声、そして、股間の喪失感。
ズボンやパンツが滑り落ちて何も無いソコを見ると、産まれたときから一緒に居たムスコが居なくなっていた。
不思議に思いつつも、ひとまずごはんを食べようとリビングに赴き、母親と直面するが、周囲の人間には星凪が男だったという記憶はなく、あたかも昔からそうしたように女の子として扱ってくる。
ヤバと感じながらいつの間にか家にあった制服を着て登校し、卒業式を終え家に帰って自分の部屋へ行くと、星凪と瓜二つの少女が自分のベッドで昼寝をしていた。
星凪から生まれた神だと名乗る少女と双子の仲になり、なぎさの名を与えてなぎさと共に人生を送ると決めた。
これは女の子に変わってしまった星凪の前途多難な学園ラブラブコメディー！