王立迷宮監督院で地味な保守・記録・生態調整ばかりを担当していた主人公は、戦果を出せない無能扱いの末、組織から追放される。
居場所を失った彼は、かつて失敗案件として見捨てられた未登録野良ダンジョンへ半ばやけくそで足を踏み入れる。
そこは、入口導線は崩れ、内部の生態系は歪み、汚染と崩落が進み、コアも活動停止寸前の死にかけた施設だった。
だが主人公は、戦闘能力ではなく、魔獣の特性理解と運用設計に秀でていた。
索敵網を張る小蜘蛛、汚泥を分解する浄化獣、坑道を補強する掘削獣、光と湿度を整える苔精、侵入者を撹乱する幻獣。
戦闘では一級ではない彼らを適切に配置し、主人公はダンジョンを「危険な穴」から「回る拠点」へ変えていく。
やがてその再建は、ひとつの野良ダンジョンを救うだけでなく、人間社会が忘れていたダンジョンの本来価値を暴き、国一番、世界一のダンジョンへ押し上げていく挑戦へ変わっていく。