コールドスリープから目覚めた佐々木は、かつての世界から100年も離れた時代で、新たな人生を始めることになる。そんな佐々木を救ったのは、探査船を管理するＡＩ、リベラだった。リベラは佐々木をキャプテンとして迎え、二人はアークを拠点に行動を始める。
佐々木は、リベラが宇宙で資源回収を行って得た資源の一部を売るため、商業惑星セレノグラフィアへ向かい、老商人ギルと出会う。取引や事件を通じて仲間を増やし、整備士リリィ、設計士アード、ロボット工学者リーナ、エンジニアのセレネ、なんでも屋のメイリンなど、さまざまな才能を持つ人物たちが佐々木のもとへ集まっていく。
やがて佐々木たちは、巨大な要塞アヴァロンの建設を開始する。当初は身を守るための拠点だったアヴァロンは、居住区、研究施設、医療施設、兵器開発施設、商業施設などを備え、次第に多くの人々が暮らす巨大な都市へと発展していく。
佐々木は仲間たちとの絆を深め、商業や政治にも活動範囲を広げていく。一方で、ＡＩを巡る問題や裏社会との抗争、未来からの干渉など、宇宙全体を揺るがす事件にも巻き込まれていく。
物語後半では、リベラたちが知る未来に、ＡＩ同士による長大な戦争と宇宙規模の破滅が待っていることが明らかになる。未来を変えるため、敵対していたＡＩたちが協力し、時間を越えた歴史改変へと物語は進んでいく。
佐々木が求めていたのは、単なる富や権力ではない。リベラや仲間たちと安心して暮らせる場所だった。仲間を増やし、アヴァロンを発展させ、さらに未来そのものを変えようとする中で、佐々木たちの宇宙での生活は、巨大な冒険へと変わっていく。