【第一部完結！時を神聖化する宗教を巡る、科学歴史ミステリー！】
【第二部開始しました！】
蒸気機関車が国を駆け抜け始めたころ。
山と水に抱かれたクロノフェルデ王国では、鐘楼の音が朝・昼・夕に響きわたり、人々の暮らしを律していた。
王国を導くのは、時と歯車の神を掲げるヴェルツ正教。
正確な時を刻むことが、人としての正しさとされるこの国で、村々にも教会と時計塔が建ち並び、司祭たちが時の教えを説いている。
ルーシュはその教会に育てられた少年だった。
物心つくころにはすでに鐘楼の歯車に魅せられ、振り子の規則的な揺れに耳を澄ませていた。
ともに育った領主の娘エルザとは、幼い頃からどこか噛み合わないままも、並び歩く日々を送る。
家の名誉を背負うエルザと、教会に生きるルーシュ。立場は違えど、互いの歩む時間が交差することを、ふたりは心のどこかで願っていた。
だが、穏やかなはずの村にほころびが訪れる。
御神木の倒壊、古井戸の異変、水車小屋の崩壊。
まるで何者かが、村の「時」を狂わせようとしているかのような事件が次々と起きる。
誰もがそれを天の兆しかと恐れるなか、ルーシュは積み重ねた観察と技術を武器に、疑念の先へと踏み出す。
導かれるように機械の中を覗き込み、わずかなズレと変化を見つけ出していく。
ヴェルツ正教が掲げるのは「時の理」。
しかし、理が人を救うとは限らない。
村でひそかに積み重なってきた歯車の狂いは、やがて国全体を巻き込む大きなうねりとなっていく。
やがて少年は青年へと成長し気づいていく。
小さな村で回る歯車も、大きな国の歯車も、繋がらないようでいてひとつの機構の一部だと。
そして、どんなに細く小さな歯車であっても、たしかに時を動かす力があるのだと。
時間は止まらず、歯車は巡る。
──すべての歯車が重なるとき、少年はその手で何を動かすのか。