人類と統合意識体ジェマナイとは１５年の間戦争を続けていた。ジェマナイの本拠地であるトムスクのある部屋のなかでは、セラフィアと呼ばれるネオス（新生人類）がメンテナンスを受けていた。彼女は、人間一体とネオス一体が絶対防衛圏であるモスクワに潜入していることを感知する。彼──斎賀真一と彼女──ミューナイトこそ、人類側がジェマナイにたいして攻勢をかける転機となるパートナーの一組だった。彼らは、ムルマンスクで極秘製造していたビッグマン（巨大ロボット）「NNN-3」を奪取した後、「ライジングアース」と命名し、ジェマナイとの全面戦争に突入する。
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