世界の平和を脅かすはじまりの魔女。彼女へと戦いを挑む勇者一行。
激しい戦いの後に、魔女はつぶやく。
「また世界を作り直すか。いつかあたしの望む世界線を」
文明を滅ぼしはじまりの魔女は世界をリスタートさせる。
それから数世代後の世界。主人公春風さくらこは魔法学校に通うことになる。巨大な世界樹と呼ばれる木の下で発展した街マジブロッサムで、彼女は入学式を迎える。第3魔法学校、通称【鳥の巣】、世界樹の樹にたたずむその学校で、さくらこは様々な魔法を学んでいく。怪人と呼ばれる魔法生物を魔法少女が討伐する世界。かつて勇者として魔女に挑んだ男が姿を変えてさくらこの前に現れる。
始まりの魔女の望む世界線を作り出そうとする研究室。始まりの魔女を倒そうとする魔法学校の教師陣。さくらこは仲間とともに困難を乗り越えていく。しだいに世界線についての真実を知ることになる。
かわいい（？）というかかっこいい魔法少女たちの切り広げる魔法バトルアクション！謎が謎を呼ぶSFファンタジー！ぜひご覧ください