渋谷で暮らしている平凡な高校生・鳥山海斗は、放課後、いつも寄り道をせずに家へ帰っていた。しかし、それは突然の出来事だった。海斗はいつもの道で帰っている途中、フ一ドを被った男と目があってしまった。その瞬間、海斗は男が持っていたナイフで刺されてしまい、この世を去った。
その先には、『黄泉の国』という死者や妖怪が住む場所へとつれていかれた。そこで、海斗は祖父・草薙明雄が亡くなる前に"わしらのの家族は妖だ。覚悟しろよ。もし、お前が死んだら地獄行きになる"と告げ、古い懐中時計を渡されたことに気付く。後に妖狐である青蘭と『傀儡師』という人や組織を操り、全滅させる正体不明の5人組凶悪犯を探っている東風谷蓮と元緋と仲間になる。さあ、4人はこの追凶を終えることはできるか。