「部品の中身をこじ開けて手作業でいじるなど、ただの自己満足だ」
モジュール交換しかできない現代の整備プロトコルに逆らい、「非効率」の烙印を押された凄腕の整備士クラウス・レヴァン。彼が左遷された先は、見渡す限りのスクラップが転がる辺境のゴミ捨て場惑星だった。
しかし、クラウスにとってそこは宝の山だった。
偶然見つけた数千年前の古代プラント。エリートたちが「不良品」と見捨てた光学回路をアナログな手作業で直したことで、最強のシステムを宿した【機械少女】アイリス（七号）が覚醒する。
規格外の修理メソッドを「正しい管理者」と認識したアイリスは、クラウスの生活を全力でサポート。豊富な素材と完璧な環境制御を手に入れたクラウスは、罠を作り、農園を拓き、理想の職人スローライフを満喫し始める。
一方、クラウスの「平穏な日常」を死守するため、機械少女は密かに暴走。
迫り来る宇宙海賊も、クラウスを追放した上官率いる国家正規艦隊も——クラウスが「最近やけに空が綺麗だな」と呑気に旋盤を回している裏で、一瞬にして殲滅・ゴミ箱行きにされていく。
職人のDIYスローライフと、過保護な機械少女による無自覚殲滅戦が交差する、SFクラフト・コメディ！