それは、13人の魔法少女が悪しき怪物から十三女町を守る物語。
代々受け継がれる魔法少女は、「13人」揃うことで本領発揮する存在であった。
そんな魔法少女の大ファンでありひそかにあこがれを持つ緑野恵麻（みどりのえま）は、怪物と遭遇したところを魔法少女の一人に助けられる。
魔法少女ヒカリ。彼女と出会ったことで恵麻はより一層魔法少女への憧れを強くする。
一方、怪物を相手にする魔法少女も「少女」である。時に苦しみ時に絶望する。復活する怪物。一人の少女へかけられる疑惑。崩れ始める信頼。激化する戦闘。怪物の正体。魔法少女の運命。残酷な現実。
そして、魔法少女は13人という数を守れなかった。
その真実を突きつけられたときには、既に恵麻は魔法少女の運命の歯車の一部となっていた。
魔法少女と怪物の冷酷な思惑が交差する中、今、彼女の運命が動き始める。