世界的人気MMORPG《Depth
Chronicle（デプス・クロニクル）》――通称《デプクロ》がサービス終了を迎えた夜。
世界最強攻略ギルド《Aegis（イージス）》のメンバーたちは、最後の攻略を終え、それぞれ別れを告げた。
――しかし翌日、世界は一変する。
世界各地に突如として巨大なダンジョンが出現。
軍隊による調査が行われるも、現代兵器はほとんど通用せず、多くの犠牲者が発生した。
さらにダンジョン内部では、《デプクロ》と酷似した“職業”や“スキル”が発現する。
その事実に気付いた神代悠真は確信する。
このダンジョンは、自分たちが遊んでいたゲームそのものだと。
ゲーム時代、唯一100階層を踏破した最強ギルド《Aegis》。
ギルドマスター兼ヒーラーだった悠真は、かつての仲間たちを再び集め、現実となったダンジョン攻略へ挑む。
だが、100階層の先には、誰も知らない“未知の深層”が待ち受けていた――。