県立朝倉高校には、「午後六時、誰もいない教室で出席を取る声が聞こえる」という噂があった。
佐伯蓮は、幼馴染の水野紗季、親友の黒田悠真、無口な神谷理央、そして転校生の美月と五人で過ごすようになる。
しかし、学校で起こる奇妙な現象をきっかけに、五人は二十年前の旧校舎で起きた事件を知る。
消えた生徒。
存在しないはずの写真。
六つ目の空席。
そして、なぜか自分たちの記憶に食い違いがあること。
調べるほど、怪異と五人の過去が繋がっていく。
そして蓮は気づく。
「俺たちは、本当に五人なのか？」
二十年前に何が起きたのか。
「六人目」は誰なのか。
そして、蓮自身は何者なのか。
すべての謎が繋がったとき、五人は最後の「七番目の放課後」を迎える。