明治20年の横浜にタイムスリップした元私立探偵・金田一。ペニシリンという「魔法の杖」を手に入れた彼は、第2部でさらなる野望へと突き進みます。
正規の医師資格を持つメアリーや小泉ハナを看板に立て、山手の広大な「元イタリア領事館」を買い取り、ついに近代的な「金田病院」を開業します。
彼の勢いは止まりません。未来の知識（カンニング）を武器に、後の東芝となる「田中製造所」へ暗視野顕微鏡の製作を依頼し、目に見えない病原体の可視化に成功。その成果を携えてドイツ・ベルリンのコッホ研究所へと乗り込み、北里柴三郎らが見守る中で医学の歴史を100年早める革命を起こします。
一方で、孤児たちによるパン事業も巨大工場へと成長し、横浜名物「カレーパン」で日欧の財界を圧倒。
ポーランドから招いた優秀な女性研究者たちと共に、世界初の製薬ベンチャーを立ち上げます。最愛のパートナーとなった結（ゆい）との結婚を経て、もぐりの医者から「明治の医療・製薬王」へと登り詰めていく金田一。
しかし、その成功の影には、常に特定の女性にしか見えない「スケベそうな顔をした猫」の不可解な導きがありました