三十年前、神と悪魔が現世に現れた大戦争によって世界は塗り替えられた。魔法と科学が融合し、企業が国家より強い力を持つ近未来。人工島・アルカディア島で生まれ育った少年、小春葵は、光の妖精・ライラとともに魔法特殊学校「アカデミア・アルカナ」へ入学する。
しかし葵には、説明のつかない何かがあった。詠唱なしで上級魔法を発動できる。剣を初めて握ったはずなのに体が動き方を知っている。毎朝、夢を見た気がする——内容は、覚えていない。
やがて葵は気づく。自分は誰かに、何かのために設計された存在かもしれないと。人類を完全に管理しようとする力と、不完全でも自由であろうとする意志。その狭間で、十六歳の少年と小さな妖精は問い続ける。
守りたいのは誰か。壊すべきなのは何か。そして——僕の魂は、僕のものか。