人智を超えた能力を持ち、人間の少女のような姿をした「魔法少女」と呼ばれる謎の知的生命体の脅威に晒されている現代。奴らに対抗するために生み出されたのがMS細胞により肉体強化を施した少女たちによる特殊戦闘部隊MSBである。
その隊員である神崎刹那は過去に体験した事件から、すべての魔法少女を駆逐しようと奮闘していた。そんな彼女が出会ったのはマシュという名の魔法少女。彼女は刹那に呼び掛ける。
「私と友達になってくれない？」
魔法少女を討伐する少女と、人間と友達になりたい魔法少女が出会ったとき、運命の歯車が動き出す。現代百合ハードアクション、ここに開幕！