コールドスリープから目覚めた天才科学者エルゼ・ノイマン。彼女が降り立ったのは、文明が崩壊し、ナノマシン技術が「魔法」と誤認され崇められる世界だった。
彼女にとって、聖女の奇跡は「ただの化学反応」、最強の攻撃魔法は「燃費の悪いエネルギー放出」、そして伝説の神の鉄槌は「土木作業用ロボット」に過ぎない。
「非効率だ。私が最適化（デバッグ）してやる」
瀕死の少女アリアを助手（兼介護係）に従え、石鹸を作って資金を稼ぎ、粉塵爆発で筆頭魔導師を論破し、古代兵器で帝国軍を蹂躙する！
これは、神と崇められる管理AIさえも論理で殴り倒し、科学の力で世界を「最適化（デバック）」してしまう、最強科学者の物語。