高校生の佐倉遥斗は、修学旅行中に突如として異世界に召喚される。そこはステータスと職業がすべてを決定する世界だった。召喚された「戦士たち」の中で唯一、遥斗は「最弱」と呼ばれる「アイテム士」の力を与えられる。
アストラリア王国の魔道具科に入学した遥斗は、持ち前の科学的思考と観察力を活かし、アイテム生成の秘密に迫っていく。クラスメイトのエレナや、同じく召喚された仲間たちと共に、遥斗は魔法と科学の境界を探求し始める。
しかし、世界は「闇」と呼ばれる脅威に侵食されつつあった。遥斗たちは冒険を繰り返す中で、この世界の真の姿に迫っていく。アイテム生成の本質が「世界の法則の一部を書き換える」ことだと気づいた遥斗は、その能力を極限まで高めていく。
「闇」の正体、異世界の真相、そして自身の能力の本質——全てが繋がっていることを理解した遥斗は、ついに「世界の理」そのものを把握するに至る。