主人公は、織田信長の命によりつくられた約3000種の薬草が育てられている伊吹山の薬草園で、南蛮のバテレン（宣教師）達や叔父の藤左衛門のもと、通訳として働く十七歳の少女スエ。
本能寺の変が起きたという知らせが届き、安土城が炎上した夜、一同は黒装束を纏う謎の集団に襲われるが、火縄銃を持ち顔に傷のある不思議な武士、荒須又五郎に助けられる。
そして信長亡き後のこの薬草園をどうするか、これからどうなるのか、何もわからず困っていたところ、又五郎に、清洲で今後の情勢を決める大きな会議があると教えられる。
こうして、護衛を買って出てくれた彼と同行して、スエ達は清洲会議へと向かうことになるが、又五郎の正体は実は……。