人類が宇宙への進出を果たした頃、第三次世界大戦に使用されたウイルス兵器により、地球は生物の住めない惑星になってしまった。時は流れ、人類があたりまえにスペースコロニーで暮らす時代。戦争の代わりにVSAという人形決戦兵器による決闘で世界の覇権は左右されていた。学園コロニーのVSA操縦士養成学校の学生、都原カイトとその友人達は、ひょんなことから学園コロニーの地下研究所で進められていた、地球復活の計画を知ってしまう。そんな折、学園コロニーで謎の殺人事件が発生する。カイト達もその事件に巻き込まれていく。そして彼らは治癒の力を持つ少女、篤国沙耶に出会う。その出会いが、カイト達を全宇宙を舞台にした地球復活を賭けた戦いへと導いて行くのであった。
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