ある日、一都六県は関東平野とは呼べないほどの地殻変動を起こし、その周囲さえも巻き込んで超立体的構造物、ダンジョンと化した。それから200年が経過する。ダンジョンから湧出する粒子、エリクシルと適合することで日本人は飛躍的進化を遂げた。適合者はまるでゲームのようなスクリーンを立体的に起動し、能力値をパラメータ化して視覚的情報として得る。脳にまで達した者はスキルという能力を会得し、ダンジョン攻略に臨む。今や新時代に突入した日本では《冒険者》こそ人気な職業と認識されていた。
群馬ダンジョン近く、軽井沢の郊外に住む少年《折畳京一》は新たな日本の首都、西京都の政府の狗にならないために適合者であることを隠していたが、群馬ダンジョンから脱走したモンスターに昼飯を踏み潰されたことにブチ切れて、逆にモンスターの背骨を折り畳んで瞬殺したことで《スキル持ち》の適合者であることを自ら暴露してしまう。
養父に背を押されダンジョンに挑み、まだ誰も到達したことのない《東京》を目指すことになった初日、《配信者》である《五反マリア》を、《皆殺し姫》の異名を持つ《零鏡花》とともに助けたことで、京一の運命はまた大きく動き出す。
果たして少年少女たちはダンジョン最奥に到達できるのか。
最奥にある《東京》は、なにが待ち構えているのか───!!