とある事情により体を失うことになってしまった十六歳の男子高校生の御神楽遥（みかぐらはるか）は、何もない真っ白な空間で神様と名乗る人物と出会う。しかもこの神様、なんと自分の母親の父だというじゃないか。つまりは祖父！？ 条件付きで新しい神様として修行することになった遥は、神様たちのお茶目ないたずらにより女の子の体にされてしまう。日本に帰るため、そして神様のお遣いを終えて正式な神様になるため、遥は異世界へ渡り修行を行うことに。
そこで遥は各世界に侵入してくる謎の存在【亜神】について知る。
【亜神】はどんな世界にでも侵入し破壊や収奪を行うという。その話を聞いた遥は【亜神】の侵入を防ぐ世界を作ることを決める。
しかし【亜神】について調べていくうちに自身にその血と核があることを知ってしまう。
悩みつつも向き合い、自身に潜む【亜神】である【混沌の狐】と出会い、関係を深めていくことに。
やがて遥は【亜神】とそのほかが共存できる世界を構築するのだった。
まさかのTSで神様に！？～訳アリ新人神様はTSして異世界と日本を往復する～
から
神様になったTS妖狐はのんびり生活したい～もふもふ妖狐になった新人神様は美少女となって便利な生活のため異世界と日本を往復する～にタイトル変更（内容を分かりやすくしてみました）
（主人公の遥は褒められるとサービスしたくなっちゃうくらいチョロいです）