海に面した地方都市・霞坂市。
半年前からこの街では、一般人には認識できない"霊獣"と呼ばれる生物が異常増殖していた。
ある日の部活帰り、高校生・東雲楓は自身と同じ高校の生徒が霊獣に襲われている場所に遭遇し、自身も襲われてしまう。
そんな彼を救ったのは魔術師と名乗る、御門玲奈という女だった。魔術、それは現代では秘匿された神の力を模倣する技術である。
楓は、御門と出会い自身が「変速」という魔術の適性を持つことを知る。それは、あらゆるものの"速度"を操る力。
助けられなかった後悔と知ってしまった責任を抱え御門と共に事件の真相解明へ動き出す。
同時に、この街では『連続少年少女失踪事件』が発生していた。
霊獣の異常増殖と無関係に見える二つの異変は、やがて一つの真実へと繋がっていく.....