魔法高等学校に入学した魔法士アルト・シュナイドは、同じく新入生である少女エミリーが男子上級生に襲われている現場に遭遇した。嫌がるエミリーを無理矢理物陰に連れ込もうとする上級生を止めるべく、アルトは間に割って入って説得を試みるも、邪魔されて激怒した上級生は攻撃魔法を繰り出したのである。
しかし、アルトは魔法士の中でも最上級の才覚を持つS級で、上級生の魔法を簡単に打ち消して反撃し、一瞬にして相手を気絶させる事に成功した。
だが、この一件は学校内で権力を握る令嬢系生徒会長リンザローテに目撃されていて、無許可で魔法を行使したとして追放処分を言い渡されてしまう。当事者であるエミリーからの必死の訴えも虚しく、校則違反だと取り合わないリンザローテだが、アルトは機転によって校長の手助けを取り付けて一時的に退学は保留となり、処分が完全に撤回されるようリンザローテに改めて立ち向かう決意をするのであった。
S級ならば別に学校に通う必要は無いのではとも思うが、胸の内に秘めたとある夢と目標、そして約束のためにも退学になるわけにはいかないのだ。
が、リンザローテとの因縁など序の口で、闇魔法士と呼ばれる無法者の襲撃に遭ったり、暴走する魔法生物に襲われたりと、波乱万丈な学校生活が待ち受けているのであった……
果たして、アルトは無事に学校を卒業して夢へと近づけるのか？ そして、彼を取り巻く恋愛事情の行く末はいかに…？
これは、一人のS級魔法士を中心とした学校系魔法ファンタジー。