クンスト・トーキョー城下町で小さな喫茶店『カフェラート』の店員として働く少年・環アルス。平穏な日々を送っていた彼の運命は、ある日、東の森で一人の謎めいた少女・ソノラと出会ったことで大きく動き始める。
彼女を迷子だと思ったアルスは、自宅へ連れ帰ることにする。
その前夜――王立治安維持組織『アーカイブ』は、古代兵器アンビジブルを復活させる鍵となる《石》を狙う男を追い、クンストン城の宝物庫へ潜入していた。だが、あと一歩のところで漆黒の鳥が石を奪い去り、東の森へ落としてしまう。
誰も知らないまま、一人の少年と一人の少女の出会い、そして世界の命運を左右する《石》は、同じ森で交差していた。