アクアトレイと呼ばれる世界に棲む生命体、幻獣。彼らと人類との戦争が終結し、十三年の月日が経った。
冒険好きで無鉄砲な中学生、真(しん)は幻獣に対し強い興味を抱いている。ある日、真は生き残りの幻獣が自分達の住む島がある海域に逃れて来た事を知り、友人の勝志(かつし)と共に捜索に出る。しかし、見付け出した幻獣、ウィーグルには重要な使命があった。
再び、始まろうとする人類対幻獣の戦争。真は、人智超えた力を発揮する幻獣と、同じ能力を持つ少女、ラーラから特異な空間、幽世(カクリヨ)の存在を知る。
やがて、真は幻獣との戦闘を生業とする組織、白兎隊(びゃくとたい)に入り、世界の覇権を争う幻獣戦争に身を投じていく。