これは、一人の幼い魔女が復讐を果たしながら「伝説の怪盗」になるまでの物語──。
魔女の一族「月詠家」。
その本家に生まれた兄・宵（ヨイ）と妹・彗（スイ）は、クリスマスイブの夜、すべてを失った。
三人の叔母に裏切られて家族は殺され、家は焼かれ、月詠家に伝わる『三種の神器』は奪われた。
──10年後。
神器の力で富と名声を手に入れた叔母たちは、かつて殺し損ねた幼い兄妹の存在など、もう覚えていない。
だが、兄妹は生きていた。
名前を変え、身を隠し、ただその日を待ち続けて。
そして彼らは動き出す。
奪われた神器を取り戻すため。
家族の無念を晴らすため。
魔女の血を、未来へ繋ぐために。
兄は冷静沈着な参謀役。
妹は天真爛漫な魔女。
二人は“怪盗〈Witch
Phantom〉”として、最悪の叔母たちと、華麗で少しおかしな復讐劇を始める──。