突如、魔法と物理法則が混在する異世界へ転移した高校生・藤原晃。彼を待ち受けていたのは、妖精のような存在「フェアリースライム」と融合した意思を持つ橄欖石のロックゴーレム「シャトルーズ」だった。相棒となるフェアリースライムのチャアと共に、晃は異形の種族と異邦人たちの国が織りなす混沌とした世界を旅する。
旅の途中で、晃は行方不明だった父と劇的な再会を果たす。しかし、それは世界の深淵を覗き見る序章に過ぎなかった。海底に眠る迷宮で、晃は世界の裏で暗躍する超長命のスライム族と遭遇する。彼らは神と称され、太古から世界を操り、沈んだ故郷と世界樹の復活を目論んでいた。そのために異世界から人々を召喚し、知識を搾取していたのだ。晃の母もその犠牲者の一人として、武術の知識を奪う為、その体内に生きたまま囚われていた。
母の姿を目の当たりにした晃は、神と敵対することを決意。海底迷宮を脱出し、エルフの国へと辿り着く。そこで女王パーナと出会い、人々から「聖戦士」と呼ばれるようになる。だが、その称号は、母を救い、神の野望を阻止するための戦いの始まりを意味していた。スライム族に操られた異邦人の国は、巧妙な策略で周辺諸国を侵略していく。ラジオという魔道具を用いた情報操作は、人々の心を蝕み、世界を混乱に陥れていた。
チャアとの固い絆、シャトルーズの秘められた力、そして母への想いを胸に、晃は混沌とした世界で戦い続ける。果たして、彼は母を救い出し、異世界に平和を取り戻せるのだろうか。
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